Bioinformatische Verfahren zur Analyse von Primärstrukturinformation mittels massenspektrometrischer Daten in der Proteomanalyse
- Die für Proteomstudien benötigte automatische Hochdurchsatzidentifikation von Peptidmassenspektren erreicht derzeit nicht einen mit der manuellen Einzelanalyse vergleichbaren Qualitätsstandard. Bei sog. Peptide Mass Fingerprint (PMF)-Datensätzen bedingen unzureichende Präprozessierung der Spektren und uneffektive Evaluation niedrige Identifikationsraten. Auch auf der Ebene von sog. Peptide Fragmentation Fingerprint (PFF)-Daten bleibt eine große Anzahl der MS/MS Spektren unerklärt, selbst nach erfolgreicher Proteinidentifikation. Viele dieser Spektren enthalten wichtige Informationen über die analysierten Proteine (z.B. posttranslationale Modifikationen). Im Rahmen dieser Arbeit wurden verschiedene Algorithmen entwickelt, um die derzeitigen Limitationen in der Interpretation von Massenspektren zu überwinden. Es konnte gezeigt werden, daß durch die Verwendung von geeigneten Algorithmen die Identifikationsrate ungeklärter Peptidmassenspektren deutlich gesteigert werden kann.
Author: | Daniel ChamradGND |
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URN: | urn:nbn:de:hbz:294-11916 |
Referee: | Helmut E. MeyerGND, Christian HerrmannORCiDGND, Wolfgang SchuhmannORCiDGND |
Document Type: | Doctoral Thesis |
Language: | German |
Date of Publication (online): | 2005/01/10 |
Date of first Publication: | 2005/01/10 |
Publishing Institution: | Ruhr-Universität Bochum, Universitätsbibliothek |
Granting Institution: | Ruhr-Universität Bochum, Fakultät für Chemie und Biochemie |
Date of final exam: | 2004/06/16 |
Creating Corporation: | Fakultät für Chemie und Biochemie |
GND-Keyword: | Bioinformatik; Massenspektrometrie; Proteom; Posttranslationale Änderung; Datenanalyse |
Dewey Decimal Classification: | Naturwissenschaften und Mathematik / Chemie, Kristallographie, Mineralogie |
faculties: | Fakultät für Chemie und Biochemie |
Licence (German): | Keine Creative Commons Lizenz - es gelten der Veröffentlichungsvertrag und das deutsche Urheberrecht |