Quantitative proteomics approaches to study leaf senescence in \(\textit {Arabidopsis thaliana}\)
Quantitative proteomische Methoden für die Untersuchung von Blatt Senescence in \(\textit {Arabidopsis thaliana}\)
- In comparison with \(\textit {Arabidopsis thaliana}\) wild type plants, \(\textit {onset of leaf death (old)}\) mutants show advanced leaf senescence. The aim of this work was to investigate the molecular processes of early leaf senescence by relative quantitative proteomics. Two-dimensional difference gel electrophoresis (DIGE) was employed to determine differences in protein concentration in \(\textit {A. thaliana}\) with normal and altered leaf senescence. The identity of regulated proteins was determined by mass spectrometry (MS). Differences in subunits of ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase and several members of glutathione S-transferase phi-class were found. A further approach was developed to assess for the first time the applicability of metabolic \(^{15}\)N-labeling combined with MS to relative quantitative proteomic analysis of \(\textit {A. thaliana}\). The two quantification methods, DIGE and \(^{15}\)N-labeling combined with MS for the accurate determination of protein concentration ratios, showed a good correlation.
- Im Vergleich zu \(\textit {Arabidopsis thaliana}\) Wildtyppflanzen zeigen \(\textit {onset of leaf death (old)}\) Mutanten vorgezogene Blattseneszenz. Ziel der Arbeit war es, mittels relativ quantitativer Proteomics molekulare Prozesse der frühen Blattseneszenz zu analysieren. Zwei-dimensionale "difference gel electrophoresis" (DIGE) wurde eingesetzt, um Unterschiede in den Proteinkonzentrationen von \(\textit {A. thaliana}\) mit normaler und veränderter Blattseneszenz zu bestimmen. Die regulierten Proteine wurden durch Massenspektrometrie (MS) identifiziert. Es zeigten sich Unterschiede bei Untereinheiten der Ribulose-1,5-bisphosphat-Carboxylase/-Oxygenase und Glutathion-S-Transferasen der Klasse Phi. Zudem wurde erstmalig metabolische \(^{15}\)N-Markierung kombiniert mit MS für eine relativ quantitative Proteomanalyse von \(\textit {A. thaliana}\) verwendet. Beim Vergleich der Genauigkeit der Bestimmung von Proteinkonzentrationsverhältnissen mittels DIGE und \(^{15}\)N-Markierung ergab sich eine gute Korrelation der erzielten Ergebnisse.
Author: | Romano HebelerGND |
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URN: | urn:nbn:de:hbz:294-21055 |
Referee: | Helmut E. MeyerGND, Jacques HilleGND |
Document Type: | Doctoral Thesis |
Language: | English |
Date of Publication (online): | 2008/01/22 |
Date of first Publication: | 2008/01/22 |
Publishing Institution: | Ruhr-Universität Bochum, Universitätsbibliothek |
Granting Institution: | Ruhr-Universität Bochum, Fakultät für Biologie und Biotechnologie |
Date of final exam: | 2007/02/02 |
Creating Corporation: | Fakultät für Biologie und Biotechnologie |
GND-Keyword: | Quantitative Analyse; Proteomanalyse; Senescence; Ackerschmalwand; Elektronensprayionisations-Massenspektrosmetrie; Differentielle Gelelektrophorese |
Institutes/Facilities: | Medizinisches Proteom-Center |
Dewey Decimal Classification: | Naturwissenschaften und Mathematik / Biowissenschaften, Biologie, Biochemie |
faculties: | Fakultät für Biologie und Biotechnologie |
Licence (German): | Keine Creative Commons Lizenz - es gelten der Veröffentlichungsvertrag und das deutsche Urheberrecht |